为规范来料加工业务单证管理，市国税局目前发出通知对补办《来料加工贸易免税证明》的具体操作办法明确如下：
一、补办条件
企业已按规定申请开具了《免税证明》，但尚未向主管税务机关申报办理暂免税的，如《免税证明》发生遗失，可向市财税三分局申请补办《来料加工贸易免税证明补办证明单》（一式四联。以下简称《补办证明单》，格式附后）。
二、补办要求
1.来料加工出口企业应完整填写《补办证明单》（一式四联），并提供沪国税进[2006]29号文第三条第一款所规定资料（可提供复印件），向市财税三分局申请补办。
企业若能提供原《免税证明》其中任何一联的，只需凭填写完整的《补办证明单》和原《免税证明》任何一联（原件），向市财税三分局申请补办免税证明。
2.来料加工业务采用再委托方式进行的，若加工企业遗失其免税证明的，应由来料加工出口企业负责为加工企业按规定补办免税证明。
三、管理要求
1.市财税三分局根据来料加工出口企业提供的资料，经审核确认后，对符合补办条件的，按原已出具的免税证明内容开具《补办证明单》。留存《补办证明单》第二联后，将其他资料退还企业。
2.市财税三分局对已出具的《补办证明单》，按沪国税进[2006]29号文第三条第二款有关规定，做好登记、信息传递工作。
3.一经开具《补办证明单》，对应的原《免税证明》自动作废。已开具《补办证明单》的来料加工出口企业或加工企业在进行增值税纳税申报和核销申报时，应提供《补办证明单》相应联次，按规定办理免税核定和免税核销。
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